我國地下水水源豐富，為工業、農業、養殖及公共用水之重要水資源之一，然隨著社會發展及土地利用型態之改變，造成地下水污染事件層出不窮。本署土壤及地下水污染整治基金管理會依據土壤及地下水污染整治法，辦理地下水污染預防與整治工作，並根據人為與自然成因污染調查成果，將地下水水質管理之地下水污染管制工作，擴展至地下水資源管理之水質保護工作，並針對污染管理與地下水使用現況，建立地下水水質保護策略，以掌握臺灣地下水背景水質概況。
為掌握我國地下水水質背景狀況，自82年起陸續針對全國地下水分區及部分縣市設置區域性（即背景調查）監測井，迄今約460口（監測井分布如圖1），並辦理定期採樣檢測工作。此外，有鑑於監測井設置所費不貲，且井況優劣將影響水質監測之代表性，故自93年起採分年分批方式，辦理區域性監測井井況評估、井體維護、設備更新、高程驗證等管理工作，並依地下水監測井生命週期概念及歷年工作實作經驗，自99年起逐步完成監測井設置、評估維護、廢井作業等相關制度與手冊建立，方可持續推動及維護我國地下水水質。
圖1 我國地下水區域性監測井分布區域性地下水監測井採樣監測工作，由環境部環境資訊科技司整合執行，歷年皆依據檢測結果調整監測頻率，主要監測井水質測項曾超過監測標準且具上升趨勢者，及監測井尚未累積足夠（12筆）監測數據者，監測頻率調整為每年4次；主要監測井水質變化趨勢穩定者，及次要監測井水質測項曾超過監測標準且具上升趨勢者，監測頻率調整為每年2次；次要監測井水質變化趨勢穩定者，監測頻率調整為每年1次。
區域性地下水監測井監測項目，包括一般水質（如水溫、酸鹼值、導電度、總硬度、總溶解固體、氯鹽、氨氮等）、重金屬（鎘、鉛、鉻、砷、銅、鋅等）、揮發性有機污染物（苯、甲苯、乙苯、二甲苯、氯仿、氯甲烷四、氯乙烯、三氯乙烯、氯乙烯等）共計50項。
統計歷年區域性地下水質監測數據，顯示區域性地下水監測井皆低於揮發性有機物之地下水污染監測標準；此外，錳與氨氮項目低於地下水污染監測標準比率普遍較低，其中錳比率偏低為地質因素導致，而氨氮比率偏低為人為活動所影響。 將持續辦理地下水定期監測，掌握地下水背景水質狀況。
面對氣候變遷與極端氣候挑戰，地下水資源管理須邁向整合與永續，未來將持續強化地下水水質監測，推動跨單位合作與資料共享，精進地下水資源整合與管理機制。透過擴充地下水監測網絡、建置跨域資料平台，整合地下水監測資源，以提升水質保護層級至資源管理面向，落實地下水源頭保護，確保地下水用水安全。